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競走馬を伝染病の被害から守るための大切な制度のこと。家畜伝染病予防法に定められた「輸出入検疫」については、馬の場合、基本的には輸出時には５日間、輸入時に１０日間の繋留検査が実施されている。日本での国際レースに出走する外国馬は、参加国との間で取り決められた条件に基づき、１日間の輸入検疫で出走できる。海外遠征をした日本馬は、帰国後５日間の輸入検疫の後、３週間の着地検査(観察期間)が必要。ジャパンカップ等の国際招待競走に出走する外国馬については、競馬学校内にある国際厩舎地区が、輸入検疫の施設として使用されている。また、牧場からトレセンまたは競馬場に入厩する際にも、数時間から１日の間「検疫馬房」に拘束され検査されること(入厩検疫)になっている。